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Der Sieglarer Mühlengraben leitet im FFH-Gebiet „Sieg“ (DE-5210-303) durch ein Querbauwerk in der Agger Wasser in das FFH-Gebiet „Sieg und Siegmündung“ (DE-5208-301) ab. Die Agger selbst ist oberstromig zur Wehranlage als eigenständiges FFH-Gebiet (DE-5109-302) ausgewiesen.